นับตั้งแต่ประเทศไทยต้องสูญเสีย เขาพระวิหารให้แก่ฝ่ายกัมพูชาไป ความสัมพันธ์ระหว่างทั้งสองประเทศ ก็เริ่มเสื่อมถอยลงเป็นลำดับ จนกระทั่งเมื่อ ๒๐ มิถุนายน ๒๕๐๘ ทหารฝ่ายกัมพูชา ประมาณ ๑ กองร้อย ได้รุกล้ำเขตแดนไทย ด้านอำเภอคลองใหญ่ จังหวัดตราด ปะทะกับเจ้าหน้าที่บ้านเมืองอย่างรุนแรง เข้ายึดบริเวณช่องเขาคีรีวงษ์ เพื่อจะทำการเข้าตีและ ยึดสถานีตำรวจภูธร อำเภอคลองใหญ่

      กรมนาวิกโยธินได้สั่งให้ กองพันทหารราบที่ ๒ กรมผสมนาวิกโยธิน ผู้บังคับกองพันทหารราบที่ ๒ กรมผสมนาวิกโยธิน ขณะนั้นคือ นาวาโท วิศิษฐ์ หาสุณหะ ได้จัดกำลัง ๑ กองร้อยปืนเล็กเพิ่มเติมกำลังเป็นกองร้อยเข้าตีหลักและ ๑ กองร้อยปืนเล็กเป็นกองหนุน กองร้อย ฯ เข้าตีหลักได้เคลื่อนกำลังทางเรือจากจังหวัดตราด ขึ้นบกที่อำเภอคลองใหญ่ ได้ปฏิบัติการผลักดันกองกำลังทหารกัมพูชา จนออกพ้นนอกเขตประเทศไทยและได้ยึดพื้นที่บริเวณช่องเขาคีรีวงษ์กลับคืนมาได้สำเร็จ โดยฝ่ายเราไม่มีการสูญเสีย หลังจากเหตุการณ์สงบ จึงถอนกำลังกลับที่ตั้งปกติ

      สืบเนื่องมาจากวิกฤติการณ์ทางการเมืองระหว่างประเทศไทยกับประเทศกัมพูชา ในกรณีเขาพระวิหาร ซึ่งศาลโลกตัดสิน ให้ไทยแพ้คดี สูญเสียเขาพระวิหาร ให้กับประเทศกัมพูชา เมื่อเดือนมิถุนายน ๒๕๐๕ จึงทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศทั้งสองเสื่อมลง ต่อมาในปี ๒๕๐๗ สถานการณ์ตามพื้นที่บริเวณชายแดนไทย ที่ติดต่อกับประเทศกัมพูชาเริ่มตึงเครียด เนื่องจากการแสดงท่าทีคุกคาม เป็นปฏิปักษ์ต่อประเทศไทยของประเทศกัมพูชา โดยการส่งกำลังเข้ามาปล้นสดมภ์และแทรกซึม ตามพื้นที่บริเวณชายแดนไทยโดยเฉพาะ ด้านจังหวัดสุรินทร์และจังหวัดบุรีรัมย์

      จากสาเหตุดังกล่าว กองทัพบกจึงได้ประสานกับกองทัพเรือพิจารณาจัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการพิเศษขึ้นเพื่อปฏิบัติภารกิจ ป้องกันอธิปไตยของประเทศพื้นที่บริเวณ แนวชายแดนไทยที่ติดต่อกับประเทศกัมพูชาด้านพื้นที่ จว.จันทบุรีและจว.ตราด โดยมอบให้ กรมนาวิกโยธิน รับผิดชอบดำเนินการจัดตั้งเรียกว่า “ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑” กรมนาวิกโยธินจึงได้จัดทำแผนยุทธการ (ลับที่สุด) ที่ ๑ – ๐๗ ลง ๘ ก.ค.๐๗ เพื่อให้หน่วยต่าง ๆ เตรียมการ และในวันที่ ๒๐ ตุลาคม ๒๕๐๘ จึงได้จัดตั้ง ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษ ๖๑ (ศปศ.๖๑) ขึ้น ซึ่งตั้งกองบังคับการอยู่ที่ ค่ายตากสิน อ.เมือง จว.จันทบุรี โดยมี ร.อ.วิชัย ฌสธนะ เป็นผู้ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑ ต่อมาในปี ๒๕๑๑ ได้ย้ายกองบังคับการศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑ ไปตั้งที่ บ.คลองตานี ต.ทับไทร อ.โป่งน้ำร้อน จว.จันทบุรี จนถึงปัจจุบัน ในเนื้อที่ ๒๖๒ ไร่

      การควบคุมบังคับบัญชา การจัดตั้งหน่วยครั้งแรกนั้น(๒๐ ตุลาคม ๒๕๐๘)ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑ ขึ้นการควบคุม ทางยุทธการกับ ศปก.ทบ.๓๐๕ ต่อมากองทัพเรือได้รับอนุมัติให้จัดตั้ง “กองกำลังด้านจันทบุรี-ตราด”(กจต.)กองทัพบกจึงได้มอบ “ศูนย์ปฏิบัติการพิเศษที่ ๖๑” ให้ขึ้นการควบคุมทางยุทธการกับ กองกำลังด้านจันทบุรี-ตราด เมื่อ ๒๘ เมษายน ๒๕๑๓

      ภารกิจของ ศปศ.๖๑ ได้รับมอบภารกิจตามสถานการณ์ที่เปลี่ยนแปลงอยู่ตลอดเวลา ตั้งแต่การจัดตั้งหน่วยครั้งแรก เมื่อ ๒๐ ตุลาคม ๒๕๐๘ ได้รับมอบภารกิจดังนี้

      ๑.ดำเนินการหาข่าว ป้องกันและต่อต้านการแทรกซึม การบ่อนทำลาย การก่อความไม่สงบ ณ พื้นที่สำคัญตามพรมแดนกัมพูชาใน จว.จันทบุรี และ จว.ตราด

      ๒.ดำเนินการด้านจิตวิทยาและการช่วยเหลือประชาชนตามแนวชายแดนในเขต จว.จันทบุรี และ จว.ตราด

      ๓.เตรียมรับสถานการณ์ให้พร้อมที่จะเข้าเผชิญหน้าต่อการปฏิบัติการใดๆของฝ่ายกัมพูชาซึ่งเป็นการก่อกวนและล่วงล้ำอธิปไตยของประเทศไทย

      ๔.ลาดตระเวนและสังเกตการณ์ เพื่อเตรียมการและกำหนดตำบลที่จะจัดตั้งเป็นหมู่บ้านยุทธศาสตร์ตามสถานการณ์ที่จำเป็นในขั้นต่อไป

       ต่อมาในแต่ละปี สถานการณ์ในพื้นที่ตามแนวชายแดนไทย–กัมพูชา เปลี่ยนแปลงอยู่ตลอดเวลา ดังนั้น ภารกิจของ ศปศ.๖๑ จึงมีการปรับเปลี่ยน ให้เหมาะสมกับเหตุการณ์ และในปัจจุบัน ศปศ.๖๑ ได้รับมอบมอบภารกิจดังนี้

       ๑.ปฏิบัติงานด้านการข่าว และการปฏิบัติการจิตวิทยาในพื้นที่ จว.จันทบุรี และ จว.ตราด

       ๒.สนับสนุน จนท.ฝ่ายบ้านเมืองในการป้องกันปราบปรามการกระทำผิดกฏหมายทั้งปวง

       ๓.ปฏิบัติงานรักษาความมั่นคงภายในในพื้นที่รับผิดชอบ ด้วยการปฏิบัติงานหลักคือ งานขจัดเงื่อนไขที่ส่งผลกระทบต่อความมั่นคงภายในงานพัฒนา การปกครองระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์เป็นประมุข และการสนับสนุนงานพัฒนาเพื่อความมั่นคง

       ๔.เป็นกองหนุน กองกำลังด้านจันทบุรี–ตราด เมื่อสั่ง

      สถานการณ์บริเวณพื้นที่ตามแนวชายแดนไทย–กัมพูชา เมื่อความรุนแรงมากยิ่งขึ้นในปี พ.ศ.๒๕๑๓ กองบัญชาการทหารสูงสุด จึงสั่งการให้ กองทัพบก, กองทัพเรือ, กองทัพอากาศ และตำรวจตระเวนชายแดน ส่งกำลังปฏิบัติการในการป้องกันชายแดนให้ความคุ้มครองประชาชนชาวไทยบริเวณชายไทย–กัมพูชา โดยกองบัญชาการทหารสูงสุด สั่งการให้กองทัพบก มอบความรับผิดชอบในการป้องกันและรักษาอธิปไตยบริเวณชายแดนไทย–กัมพูชา ด้านจังหวัดจันทบุรีและจังหวัดตราด ให้กองทัพเรือ กองทัพเรือจึงจัดตั้ง กองกำลังด้านจันทบุรี–ตราด(กจต.)ขึ้นเมื่อ ๒๘ เมษายน ๒๕๑๓ ด้วยการประกอบกำลังทหารนาวิกโยธินที่ปฏิบัติการทางบก กับกำลังทางเรือที่ปฏิบัติการในทะเล โดยแต่งตั้ง ให้ผู้บัญชาการกรมนาวิกโยธิน เป็นผู้บัญชาการกองกำลังด้านจันทบุรี–ตราด(กจต.) และได้รับการสนับสนุน เครื่องบินจากกองทัพอากาศให้การสนับสนุนในการปฏิบัติ โดยมอบภารกิจให้กองกำลังด้านจันทบุรี–ตราด(กจต.)ดังนี้

      - ป้องกันชายแดนที่ติดต่อกับประเทศกัมพูชา ในพื้นที่จังหวัดจันทบุรีและจังหวัดตราด ทั้งทางบกและทางทะเล

      - คุ้มครองป้องกันเรือและชาวประมงไทยด้านกัมพูชา มิให้ถูกก่อกวน จับกุม ทำร้ายโดยทหารกัมพูชา หรือทหารประเทศที่สาม ในน่านน้ำภายในและทะเลอาณาเขตไทย

      - สนับสนุนเจ้าหน้าที่ฝ่ายบ้านเมืองในการป้องกัน มิให้เรือประมงไทยล่วงล้ำน่านน้ำกัมพูชา รวมทั้งการควบคุมรักษาระเบียบ ข้อบังคับและกฎหมายทั้งปวง ป้องกัน ปราบปราม การกระทำผิดกกหมายเพื่อรักษาอธิปไตย และผลประโยชน์ของชาติ

      ในระยะแรก กองบัญชาการกองกำลังด้านจันทบุรี–ตราด ตั้งอยู่ที่ค่ายกรมหลวงชุมพร อำเภอสัตหีบ จังหวัดชลบุรี และเริ่มปฏิบัติภารกิจ ตั้งแต่ ๑๔ ตุลาคม ๒๕๑๓ ต่อมาในปี พ.ศ.๒๕๑๘ สถานการณ์ในประเทศกัมพูชาเปลี่ยนแปลงไป เมื่อกำลังของพรรคคอมมิวนิสต์เข้าครอบครองอินโดจีน ตั้งแต่ ๑๗ เมษายน ๒๕๑๘ รัฐบาลพอลพต ทำการปกครองประเทศด้วยความรุนแรง ทำให้ราษฎรชาวกัมพูชาอพยพหนีภัยเข้ามายังประเทศไทยเป็นจำนวนมาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งทางด้านจังหวัดจันทบุรี และจังหวัดตราด ดังนั้นเพื่อให้การควบคุม บังคับบัญชา หน่วยกำลังในพื้นที่เป็นไปโดยใกล้ชิด และสามารถติดตามสถานการณ์ได้อย่างรวดเร็วและต่อเนื่อง กองบัญชาการกองกำลังด้านจันทบุรี–ตราด จึงย้ายที่ตั้งจาก ค่ายกรมหลวงชุมพร อ.สัตหีบ จว.ชลบุรี มาเข้าที่ตั้งบริเวณ ค่ายตากสิน อ.เมือง จว.จันทบุรี ตั้งแต่ ๑๘ เมษายน ๒๕๑๘ เป็นต้นมา

       กองทัพเรือจึงมีคำสั่งเพิ่มเติม เพื่อให้สอดคล้องกับคำสั่งของกองบัญชาการทหารสูงสุด และเหมาะสมกับสถานการณ์ในขณะนั้น ตลอดจนเพื่อเป็นการกำหนดอำนาจ การบังคับบัญชาของ กองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด ต่อหน่วยกำลังต่าง ๆ ที่ขึ้นควบคุมทางยุทธการให้ชัดเจนยิ่งขึ้น ตามคำสั่ง กองทัพเรือ ลับมาก (เฉพาะ) ที่ ๒๕๗/๒๕๒๙ ลง ๒๓ ก.ย.๒๙ เรื่อง การป้องกันชายแดนด้านจันทบุรีและตราดให้ ผู้บัญชาการกรมนาวิกโยธิน(ผบ.นย.)เป็น ผู้บัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด (ผบ.กปช.จต.) รับผิดชอบในการป้องกันชายแดนที่ติดต่อกับประเทศกัมพูชาด้านจังหวัดจันทบุรีและจังหวัดตราด ทั้งทางบกและทางทะเล และให้กองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด จัดตั้งกองกำลังด้านจันทบุรี–ตราด(กจต.)เพื่อปฏิบัติภารกิจในการป้องกันชายแดนที่ติดต่อกับประเทศกัมพูชา ในพื้นที่จังหวัดจันทบุรีและจังหวัดตราดทั้งทางบกและทางทะเล ให้ผู้บัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด เป็น ผู้บัญชาการกองกำลังด้านจันทบุรี–ตราด อีกตำแหน่งหนึ่ง

      ภารกิจของ กองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทบุรีและตราด ปฏิบัติภารกิจในการป้องกันชายแดนทั้งทางบกและทางทะเล อำนวยการในการปกครองพื้นที่ ควบคุมรักษาระเบียบ ข้อบังคับ และกฎหมายทั้งปวงในพื้นที่จังหวัดจันทบุรีและจังหวัดตราด เพื่อรักษาอธิปไตยและความมั่นคงของชาติ

      เนื่องจากราษฎรที่อาศัยอยู่บริเวณแนวชายแดนไทย–กัมพูชา ส่วนใหญ่มีสภาพยากจน ได้รับผลกระทบจากการสู้รบบริเวณชายแดน จากการกระทำของ ผู้ก่อการร้ายคอมมิวนิสต์ ทำให้เกิดปัญหาราษฎรไทยอพยพขึ้น ซึ่งทางรัฐบาลได้พิจารณาแผนการช่วยเหลือราษฎรเหล่านี้ โดยโครงการระยะสั้นให้มีการจัดตั้ง หมู่บ้านป้องกันตนเองชายแดนขึ้น ตามอนุมัติของคณะรัฐมนตรี เมื่อ ๓ ตุลาคม ๒๕๒๑ ซึ่ง กปช.จต.ได้เริ่มดำเนินการโครงการหมู่บ้าน ปชด.ไทย–กัมพูชา ตั้งแต่นั้นมา โดย กพร.นกปช.จต.เป็นผู้รับผิดชอบดำเนินงาน ในระยะเริ่มต้น ต่อมา เมื่อ ๙ มกราคม ๒๕๓๐ รอง เสธ.ทหาร(พลเอก สุรพล บรรณกิจโสภณ) หัวหน้าสำนักงานเลขานุการ โครงการหมู่บ้านป้องกันตนเองชายแดน/ประธานอนุกรรมการ ประสานงานและติดตามผล/เลขานุการคณะกรรมการแก้ไขปัญหาราษฎรไทยอพยพ ได้แนะนำให้ กปช.จต.จัดตั้ง สนง.พชด.กปช.จต.ขึ้นเพื่อเป็นหน่วยปฏิบัติการในพื้นที่รับผิดชอบ ทางยุทธการของ กปช.จต.และ ทร.ได้อนุมัติให้จัดตั้ง สนง.พชด.ฯ และ ชป.พัฒนาขึ้น เมื่อ ๑ มิถุนายน ๒๕๓๒ สน.พชด.กปช.จต.จึงเป็นหน่วยเฉาะกิจที่ขึ้นการบังคับบัญชากับ กปช.จต. เพื่อปฏิบัติงานในนามโครงการหมู่บ้าน ปชด.ในพื้นที่ตามแนวชายแดน จว.จันทบุรี และ จว.ตราด และทำหน้าที่เป็นฝ่ายกิจการพิเศษ เกี่ยวกับการดำเนินงานในโครงการหมู่บ้าน ชปด. (ตามอนุมัติของ ผบ.กปช.จต. เมื่อ ๓๑ พฤษภาคม ๒๕๓๒)

      ต่อมา กปช.จต.เสนอขออนุมัติปรับโครงสร้างการจัดหน่วยปฏิบัติงาน โครงการหมู่บ้าน ปชด.จาก สำนักงานประสานงานพัฒนาพื้นที่ชายแดน(สนง.พชด.ฯ)เป็น ศูนย์พัฒนาพื้นที่ชายแดน (ศพชด.ฯ)เพื่อให้สอดคล้องกับโครงสร้างการจัดหน่วยปฏิบัติงานโครงการหมู่บ้าน ปชด.ของกองทัพภาค และเป็นมาตรฐาน การจัดหน่วยในระดับเดียวกัน โดย กปช.จต.ได้รับอนุมัติจาก บก.ทหารสูงสุด ให้ปรับโครงสร้างการจัด สนง.พชด.กปช.จต.เป็น ศพชด.กปช.จต.ตั้งแต่ ๒๙ ตุลาคม ๒๕๓๙

      กองทัพบกได้ตกลงใจในการจัดตั้งโครงการทหารพรานขึ้น เมื่อ ๑๕ กรกฎาคม ๒๕๒๑ และได้มีกองทหารพรานที่มีผู้บังคับบัญชาเป็นทหารนาวิกโยธิน ผ่านการอบรมมาจากกองทัพบก จำนวน ๒ กองร้อย เข้ามาปฏิบัติงานเพื่อป้องกันและปราบปรามผู้ก่อการร้ายคอมมิวนิสต์ในพื้นที่อำเภอโป่งน้ำร้อน จังหวัดจันทบุรี และอำเภอบ่อไร่ จังหวัดตราด โดยให้ขึ้นการควบคุมทางยุทธการ กับกองกำลังด้านจันทบุรี-ตราด(กจต.)กองทัพเรือ ซึ่งรับผิดชอบพื้นที่จังหวัดจันทบุรีและตราด อยู่จนถึงปลายปีงบประมาณ ๒๕๒๓

      ต่อมากองบัญชาการทหารสูงสุด ได้มีคำสั่งให้กองทัพบก มอบโอนหน่วยทหารพรานที่มีอยู่ในพื้นที่รับผิดชอบของ กจต.ในขณะนั้น จำนวน ๖ กองร้อย ให้กองทัพเรือรับผิดชอบให้แล้วเสร็จภายใน ๓๐ กันยายน ๒๕๒๓ กองทัพเรือจึงได้มีคำสั่งให้กรมนาวิกโยธิน ดำเนินการรับมอบหน่วยทหารพรานดังกล่าวจากกองทัพบก และส่งมอบให้ขึ้นการควบคุมทางยุทธการกับกองบัญชาการป้องกันชายแดนจันทุบรีและตราด(กปช.จต.)ต่อไป หน่วยเฉพาะกิจทหารพรานนาวิกโยธิน จึงถือเอาวันที่ ๓๐ กันยายน ของทุกปี เป็นวันสถาปนาหน่วย ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา หน่วยเฉพาะกิจนาวิกโยธินเป็นหน่วยขึ้นตรงของหน่วยบัญชาการนาวิกโยธิน กองทัพเรือ กองบังคับการตั้งอยู่ที่ค่าย “เทวาพิทักษ์” บ้านคลองตาคง อำเภอโป่งน้ำร้อน จังหวัดจันทบุรี ปฏิบัติภารกิจในการป้องกันประเทศตามแนวชายแดนไทย–กัมพูชา ด้านจังหวัดจันบุรีและตราด ที่ได้รับมอบจาก กปช.จต.

      ภารกิจที่เปลี่ยนแปลงจากการต่อสู้เพื่อเอาชนะคอมมิวนิสต์ มาเป็นการป้องกันประเทศจึงทำให้หน่วยเฉพาะกิจทหารพรานนาวิกโยธิน จำเป็นต้องขยายหน่วย ให้เหมาะสม และสามารถที่จะปฏิบัติภารกิจได้อย่างมีประสิทธิภาพ

      กำลังทหารพรานนาวิกโยธิน ประกอบด้วยกำลังพลประจำการ(เจ้าหน้าที่โครง)และกำลังพลอาสาสมัคร(อส.ทพ.)

      ๑. กำลังพลประจำการ ได้แก่ นายทหารสัญญาบัตร และนายทหารประทวนที่มาจากหน่วยบัญชาการนาวิกโยธิน เป็นส่วนใหญ่ และมีบางส่วนมาจาก กรมแพทย์ทหารเรือ และกรมการเงินทหารเรือ

      ๒. อาสาสมัครทหารพรานนาวิกโยธิน ได้แก่ กำลังพลจากบุคคลทั่วไปที่อาสาสมัครเข้ามาทำการรบกับศัตรูของแผ่นดินด้วยความสมัครใจ มีความรักชาติ มีความเลื่อมใสและเชื่อมั่นในการปกครองระบอบประชาธิปไตย อันมีพระมหากษัตริย์เป็นประมุข มีความเสียสละ พร้อมที่จะอุทิศตนเข้ารับการฝึกด้วยความสมัครใจ และปฏิบัติงานเพื่อความมั่นคงของชาติ ในระยะเวลาที่ไม่จำกัด แต่จะต้องปฏิบัติงานให้อยู่ในกรอบวินัยของทหาร และระเบียบ ของหน่วยเฉพาะกิจทหารพรานนาวิกโยธินที่ได้กำหนดไว้